Особенности географического расположения края проявляются и в значительном разнообразии его фауны. Здесь отмечены более 90 видов млекопитающих, более 300 видов птиц, 8 видов пресмыкающихся и 7 видов земноводных. В реках и озерах края обитают 35 видов рыб. Для каждого из ландшафтов Алтая характерен определенный видовой состав животных. Наименее богата степных и лесостепных частей края. Здесь преобладают грызуны: красная и рыжая полевки, краснощекий суслик, степная пищуха, большой тушканчик. После распашки целинных земель особенно многочисленной стала полевая мышь. Из крупных млекопитающих встречаются волк, лисица, степной хорь, заяц-беляк, корсак, барсук, заяц русак, лось. Из птиц после распашки целины преобладают грач, сорока, ворона, галка; из мелких воробьиных больше всего полевого жаворонка, желтой трясогузки и черноголового чекана. На болотах и по берегам водоемов бродят многочисленные и разнообразные кулики, гнездятся утки, серый гусь и серая цапля. На озерах много уток, лысух. Там же часто встречаются многочисленные колонии чаек (серебристая, сизая, озерная). Значительно богаче животный мир равнинных лесов. В них обитают различные виды бурозубок, полевок и мышей. Многочисленны бурундук и белка-телеутка. Типичными лесными обитателями являются крот, еж, ласка, горностай, колонок и барсук. Обычны заяц-беляк и лиса, реже встречаются росомаха, волк, рысь и бурый медведь, бобр, косуля и лось. Красочен и разнообразен мир мелких лесных воробьиных птиц: синицы, пеночки, славки, горихвостки, дрозды, лесной конек, вьюрковые – зяблик, чечетка, юрок, чечевица, клест-еловик, щеглы. Обычны кукушка, козодой, дятлы – черный, большой и малый пестрый, трехпалый, вертишейка. Из мелких хищников наиболее распространены соколки – чеглок, дербник и кобчик. Встречаются ястребы – тетеревятник и перепелятник, черный коршун канюк, мохноногий сыч, ушастая сова, реже – филин. В равнинных и предгорных зонах Алтая не редкость серый журавль. Из рептилий характерны обыкновенный уж, гадюка, паласов щитомордник, прыткая и живородящая ящерицы. Земноводных мало: в основном это остромордая и травяная лягушки, серая и зеленая жабы. Для горных степей Алтая характерны норники: краснощекий и длиннохвостый суслики, алтайский и монгольский сурки. Из мелких грызунов многочисленны полевки. По каменистым россыпям на окраинах горных степей обычны даурская и монгольская пищухи. Кроме того, в Чуйской степи обитают тушканчик-прыгун, джунгарский хомячок и заяц-толай, не меняющий окраску зимой (на полупустынных ландшафтах снега очень мало). Видовой состав птиц немногочислен: жаворонки – полевой и степной, каменки – плешанка и плясунья, степной конек, удод, степной лунь, пустельга. Однако фауна Чуйской степи отличается большим разнообразием и оригинальностью: для этих мест характерны огарь, индийский горный гусь, серебристая чайка, чернозобая гагара, черный аист, лебедь-кликун, алтайский кречет, белоголовый сип, черный гриф, бородач-ягнятник. Только здесь встречаются дрофа, саджа, толстоклювый зуек, ремез. Мир обитателей гор особенно многолик. Этому способствует многообразие природных условий региона. Здесь живут 62 виды млекопитающих, более 260 видов птиц, 11 видов амфибий и рептилий, 20 видов рыб. Животный мир горных лесов составляют почти все виды, встречающиеся в равнинных лесах. Это белка-летяга, бурундук, соболь, летучие мыши – усатая ночница, сибирский трубконос, ночница Иконникова, рыжая вечерница и ушан. Многочисленны копытные животные, питающиеся древесно-кустарниковой растительностью, - лось, марал, косуля, кабарга, гораздо реже попадается северный олень. Из крупных хищников распространены бурый медведь, рысь, росомаха, выдра и барсук. Обычны мелкие хищники из семейства куньих, питающиеся мышевидными грызунами: ласка, горностай, солонгой, колонок и американская норка. Повсеместно попадаются роющие насекомоядные – крот, землеройки. Многочисленна азиатская лесная мышь; увлажненные места обитания предпочитают водяная и темная полевки. Из птиц повсюду в лесах Алтая встречаются сойки, кукши и кедровки. В таежной зоне так же распространены промысловые виды куриных – глухарь и рябчик. В предгорьях по опушкам леса обычен тетерев. К суровым условиям высокогорных ландшафтов приспособлены немногие животные. Это сибирский горный козел, архар, снежный барс – красивый и очень редкий хищник. В летнее время альпийский пояс посещают маралы, медведи, росомахи, встречаются также горностай, пищуха, узкочерепная и высокогорная сибирские полевки, лисица, заяц-беляк. Из птиц в нижней части альпийского пояса обычны белая куропатка, темнозобый дрозд, полярная овсянка, варакушка. Почти у самого снега обитают красноспинная горихвостка, алтайский улар. В реках равнин и предгорий обитают щука, язь, налим, стерлядь, окунь, елец плотва сибирская, ерш, лещ, пескарь. В период нереста сюда поднимаются нельма и осетр. В озерах и старицах в долинах рек преобладают карась и линь. В горных реках видовой состав резко меняется: здесь живут таймень, ленок, хариус, голец и гольян. В Телецком озере отмечено 13 видов рыб, из которых 2 виды – телецкий сиг и сиг Правдина – обитают только в этом водоеме. В многочисленных водоемах на юге Алтайского края живет преимущественно осман. Весьма разнообразен видовой состав энтомофауны Алтая. Путешественникам, приезжающим сюда, следует помнить, что некоторые насекомые (комары, клещи) представляют опасность, являясь переносчиками инфекционных заболеваний. Поэтому прежде чем отправиться в путешествие нужно сделать необходимые прививки.